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ImageJ 用戶手冊(cè)-第三部分

  • ImageJ擴(kuò)展
    • 14. 宏指令(Macros)
      • 宏程序設(shè)計(jì)
    • 15. 腳本( Scripts)
      • JavaScript編程
    • 16. 插件( Plugins)
      • 開發(fā)ImageJ插件
    • 17. 用其他語(yǔ)言編寫腳本
      • Fiji腳本編輯器
    • 18. 從命令行運(yùn)行ImageJ

ImageJ擴(kuò)展

ImageJ功能可以通過(guò)宏、腳本或插件形式的可加載代碼模塊進(jìn)行擴(kuò)展。ImageJ網(wǎng)站提供了300多個(gè)宏、500多個(gè)插件和20多個(gè)腳本。以下是對(duì)這三種類型的ImageJ附加組件的簡(jiǎn)短描述:

  • 宏(Macros)——執(zhí)行一系列ImageJ命令的最簡(jiǎn)單方法。ImageJ宏語(yǔ)言是一種類似Java的語(yǔ)言,包含一組控制結(jié)構(gòu)、運(yùn)算符和內(nèi)置函數(shù),可用于調(diào)用內(nèi)置命令和其他宏。宏代碼存儲(chǔ)在文本文件中(擴(kuò)展名為.txt和.ijm)。
  • 插件(Plugins)——比宏功能強(qiáng)大、靈活、快速得多(ImageJ的大多數(shù)內(nèi)置菜單命令實(shí)際上都是插件),但更難編寫和調(diào)試。
  • 腳本(Scripts)——ImageJ使用Mozilla Rhino解釋器來(lái)運(yùn)行JavaScripts。與插件類似,腳本可以完全訪問所有ImageJ和Java API,但不需要編譯(腳本和宏以解釋方式運(yùn)行)。另一方面,腳本缺乏宏語(yǔ)言的簡(jiǎn)單性,在ImageJ中的集成度較低。

14. 宏指令(Macros)

宏是一個(gè)簡(jiǎn)單的程序,可以自動(dòng)執(zhí)行一系列ImageJ命令。創(chuàng)建宏的最簡(jiǎn)單方法是使用命令記錄器記錄一系列命令。宏將保存為文本文件(擴(kuò)展名為.txt或.ijm),安裝后,通過(guò)在Plugins>Macros>submenu中選擇宏名稱、按鍵執(zhí)行,或者在使用宏工具的情況下,通過(guò)單擊ImageJ工具欄中的圖標(biāo)執(zhí)行。此外,任何放置在ImageJ/plugins中的擴(kuò)展名為.ijm的宏文件都將像任何其他插件一樣安裝在Plugins>menu中。

ImageJ網(wǎng)站上有300多個(gè)示例宏。要嘗試一個(gè),請(qǐng)?jiān)跒g覽器窗口中打開它,并將其直接拖動(dòng)到Main ImageJ窗口,或者將其復(fù)制到剪貼板,切換到IJ,然后運(yùn)行File.New.System剪貼板,將宏粘貼到新的編輯器窗口中。使用編輯器的Macros>Run Macro命令運(yùn)行它。大多數(shù)示例宏也可以在ImageJ文件夾中的宏文件夾中找到。

宏程序設(shè)計(jì)

ImageJ社區(qū)創(chuàng)建了關(guān)于宏編程的優(yōu)秀教程。這些資源是ImageJ宏語(yǔ)言不可或缺的指南:

  1. The ImageJ Macro Language — Programmer’s Reference Guide(ImageJ宏語(yǔ)言-程序員參考指南):這本小冊(cè)子匯編了分布在網(wǎng)絡(luò)上的與ImageJ的宏編程相關(guān)的大部分文檔。它為ImageJ宏語(yǔ)言提供了最新的可打印手冊(cè):http://imagej.nih.gov/ij/docs/macro_reference_guide.pdf
  2. 內(nèi)置宏函數(shù)網(wǎng)頁(yè)(編輯器中的Help>Macro Functions and Macros>Function Improved Finder)是可以從ImageJ宏語(yǔ)言調(diào)用的內(nèi)置函數(shù)的不可或缺的指南。它有完整的文件記錄并不斷更新:http://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html
  3. Fiji網(wǎng)頁(yè)上的教程:http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Macro_Programming
  4. ImageJ文檔門戶網(wǎng)站上的操作方法和教程:http://imagejdocu.tudor.lu/

15. 腳本( Scripts)

ImageJ 1.41中引入了JavaScript腳本,以實(shí)現(xiàn)對(duì)ImageJ和Java API的完全訪問。ImageJ使用Java 1.6 for Linux和Windows內(nèi)置的Mozilla Rhino解釋器來(lái)運(yùn)行JavaScript。Mac用戶和Java早期版本的用戶必須將JavaScript.jar下載到插件文件夾中。這個(gè)JAR文件可以在ImageJ網(wǎng)站上找到,并且包含在ImageJ/plugins/jars中的ImageJ的Mac版本中。

示例JavaScript程序可在imagej.nih.gov/ij/macros/js/上找到??梢允褂肦ecorder(Plugins>Macros>Record)生成線程安全的JavaScript代碼。腳本可以在編輯器中作為任何其他宏打開。擴(kuò)展名為.js的腳本可以使用Macros>Run Macro 來(lái)運(yùn)行,否則必須使用Macros>Evaluate JavaScript 。

JavaScript編程

關(guān)于ImageJ JavaScript腳本的資源包括:

  1. ImageJ網(wǎng)站,文檔不斷增加:http://imagej.nih.gov/ij/developer/javascript.html
  2. Fiji網(wǎng)頁(yè)上的教程:http://fiji.sc/wiki/index.php/Javascript_Scripting
  3. 在線腳本存儲(chǔ)庫(kù):http://imagej.nih.gov/ij/macros/js/

16. 插件( Plugins)

插件是一個(gè)比宏和腳本強(qiáng)大得多的概念,而且ImageJ的大多數(shù)內(nèi)置菜單命令實(shí)際上都是作為插件實(shí)現(xiàn)的。引用維爾納·拜勒的話:插件被實(shí)現(xiàn)為Java類,這意味著您可以使用Java語(yǔ)言的所有功能,訪問完整的ImageJ API,并在插件中使用所有標(biāo)準(zhǔn)和第三方Java API。這為插件中可以做的事情提供了廣泛的可能性。插件最常見的用途是對(duì)圖像或圖像堆棧執(zhí)行一些分析或處理的過(guò)濾器,以及用于從文件或其他設(shè)備讀取/寫入本機(jī)不支持的格式的I/O插件。但正如您在查看ImageJ插件頁(yè)面上列出的插件時(shí)所看到的,您可以使用插件做許多其他事情,例如渲染圖形或創(chuàng)建ImageJ圖形用戶界面的擴(kuò)展。

ImageJ/Plugins/文件夾中的插件列在Plugins>menu的底部。只有插件文件夾中名稱中至少有一個(gè)下劃線的.class和.jar文件才會(huì)被安裝。請(qǐng)注意,在IJ 1.44d及更高版本中,ImageJ不再在啟動(dòng)時(shí)自動(dòng)在以小寫字母開頭的JAR文件目錄中安裝插件。

開發(fā)ImageJ插件

有關(guān)如何開發(fā)ImageJ插件的更多信息,請(qǐng)?jiān)L問以下文檔:

  1. ImageJ網(wǎng)站上的開發(fā)人員資源頁(yè)面:http://imagej.nih.gov/ij/developer/index.html
  2. Fiji網(wǎng)頁(yè)上的專用教程:http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Developing_Plugins
  3. ImageJ文檔門戶網(wǎng)站上的專用教程:http://imagejdocu.tudor.lu/
  4. ImageJDev網(wǎng)頁(yè)上的專用教程:http://developer.imagej.net/ides

17. 用其他語(yǔ)言編寫腳本

使用Fiji及其強(qiáng)大的編輯器,ImageJ可以支持其他語(yǔ)言。Fiji增加了對(duì)BeanShell、Clojure、Python和Ruby的額外支持。以下文檔將向您介紹Fiji的高級(jí)腳本功能:

  1. Albert Cardona關(guān)于用Jython編寫Fiji腳本的廣泛教程:http://www.ini.uzh.ch/~acardona/fiji-tutorial/
  2. Fiji網(wǎng)頁(yè)上的專用教程:http://fiji.sc/wiki/index.php/Scripting_comparisons

Fiji腳本編輯器

Fiji擁有比ImageJ內(nèi)置編輯器更強(qiáng)大的腳本編輯器。當(dāng)使用Fiji支持的任何語(yǔ)言(包括ImageJ宏語(yǔ)言)編寫腳本時(shí),Fiji編輯器都是一個(gè)寶貴的幫助。該編輯器具有完全撤消支持、語(yǔ)法高亮顯示、選項(xiàng)卡、書簽和其他一些簡(jiǎn)化ImageJ中腳本工作流程的工具。欲了解更多信息,請(qǐng)?jiān)L問Fiji
http://fiji.sc/wiki/index.php/Script_Editor編輯網(wǎng)站

18. 從命令行運(yùn)行ImageJ

ImageJ是作為桌面應(yīng)用程序設(shè)計(jì)的。然而,它可以在沒有圖形環(huán)境(headless模式)的情況下運(yùn)行,方法是在ij.jar類路徑中添加一個(gè)特殊的庫(kù)(headless.jar),該庫(kù)覆蓋關(guān)鍵的ImageJ類以更好地?zé)o圖形化工作。

ImageJ識(shí)別以下命令行選項(xiàng):

  • “file-name”:打開一個(gè)文件
  • -ijpath path:指定包含插件目錄的目錄路徑
  • -port:指定ImageJ用于確定另一個(gè)實(shí)例是否正在運(yùn)行的端口。
  • -macro path [arg]:運(yùn)行宏或腳本,向其傳遞一個(gè)可選參數(shù),該參數(shù)可以使用getArgument()進(jìn)行檢索。
  • -batch path [arg]:以批處理模式(無(wú)GUI)運(yùn)行宏或腳本,并向其傳遞可選參數(shù)。當(dāng)宏結(jié)束時(shí),ImageJ退出。
  • -eval “macro code”:計(jì)算宏代碼。
  • -run command:運(yùn)行ImageJ菜單命令
  • -debug:在調(diào)試模式下運(yùn)行ImageJ。
http://aloenet.com.cn/news/31049.html

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